较之以往，新规实现了以下突破。在科技成果使用处置权方面，由各单位自主决定对持有的科技成果采取转让、许可、作价入股等方式开展转移转化，各单位主管部门和财政部门对科技成果的使用、处置和收益分配不再审批或备案；在科技成果收益权管理方面，各单位科技成果转移转化收入全部留归单位，纳入单位预算，不再上缴国库；在科技成果收益分配激励方面，明确对用于奖励科研负责人、发明人、共同发明人、骨干技术人员等重要贡献人员和团队的收益比例，不得低于科技成果转化所得收益的50%。以科技成果作价入股，用于奖励人员的股权超过入股时作价金额50%的，由单位职工代表大会讨论决定。
《通知》还对该项改革进行了系统设计，提出了建立符合科技成果特点和科技成果转化规律的管理新模式，并规定建立科技成果市场定价机制，建立规范、合理、有效的单位科技成果转移转化收入分配和激励制度，落实科技成果向境外转让、许可的管理制度等，鼓励和规范科研人员创办企业，完善科技成果转化内部控制制度。